Francisco y sus hermanos, cada vez más numerosos, se establecieron en la iglesia de santa María de los Ángeles, también conocida como Porciúncula. Unos años más tarde, Clara, una joven de Asís de familia noble, se unirá a Francisco y su fraternidad en ese mismo lugar de la Porciúncula. Nacía la Segunda Orden franciscana, la de las Clarisas, otra experiencia destinada a dar grandes frutos de santidad en la Iglesia desde el silencio y la oración incesante de la clausura. Un poco más tarde, Francisco daría inicio también a la Tercera Orden, formada principalmente por laicos, que aún hoy dan testimonio en la sociedad del ideal franciscano de pobreza, humildad y misericordia en la vida familiar, el trabajo, el compromiso solidario, etc.

Compuesta por tres Órdenes: los Frailes (Primera Orden), las Hermanas Pobres, hoy llamadas “Clarisas” (Segunda Orden) y la Orden Franciscana Seglar, compuesta por laicos de ambos sexos (Tercera Orden). En la rama masculina está también la Tercera Orden Regular, cuyos miembros son religiosos. Existe otro grupo importante de Institutos femeninos que profesan la Regla de la Tercera Orden Franciscana.