San Francisco de Asís y sus primeros once compañeros se presentaron al Papa Inocencio III en 1209 y obtuvieron la aprobación oral de su Regla. Con esta aprobación, la fraternidad creció hasta convertirse en la Orden de los Frailes Menores y se fue extendiendo por todo el mundo conocido. Tras el Concilio Lateranense IV, el Papa Honorio III aprobó la Regla definitiva con la bula “Solet annuere” el 29 de noviembre de 1223.

Poco a poco se fue abriendo una grieta en la Orden, que cada vez se hizo mayor, entre los “frailes de la comunidad” o conventuales, que preferían la presencia de los hermanos en las ciudades, y la de los “observantes” (aunque hubo también otros movimientos), con ideales de pobreza absoluta e inclinación a la vida eremítica y ascética. A inicios del siglo XVI, el Papa León X constató la imposibilidad de hacer vivir bajo el mismo gobierno a Conventuales y Observantes y, con la bula “Ite vos” (29-V-1517), dividió la Orden: por un lado los Frailes Menores Conventuales y por otro los Frailes Menores de la Regular Observancia. Unos años más tarde, de estos últimos, surgieron los Frailes Menores Capuchinos.

La división de la Orden fue confirmada por el Papa León XIII con la bula “Felicitate quadam” (4-X-1897), reorganizando de nuevo las órdenes franciscanas y dejándolas en tres, cada una con su propio Ministro General: la Orden de los Frailes Menores Conventuales, la Orden de los Frailes Menores y Orden de los Frailes Menores Capuchinos.