Estamos en 1205. Francisco se va apartando de los amigos, intensifica la vida de soledad y oración en la ermita de San Damián y en otros lugares, frecuenta la compañía de los pobres, va en peregrinación a Roma… Se remontan a este período los “encuentros” que marcarán un antes y un después en su vida: con los leprosos, que vivían en los alrededores de Asís y hacia los cuales el Señor le condujo para practicar con ellos la misericordia, y con Cristo crucificado en la ermita de San Damián. Fue en esta pequeña iglesia donde un día, estando en oración, Cristo desde la cruz le dijo: “Ve, Francisco, y repara mi Iglesia que amenaza ruina”. El joven Francisco se tomó al pie de la letra la misión recibida, reparando materialmente la pequeña ermita que amenazaba con derrumbarse. Poco a poco comprendió su verdadero sentido: la situación dramática de la Iglesia en aquel tiempo.

Reconociendo más claramente la llamada de Dios, decidió renunciar a sus proyectos y abandonar todo lo que tenía para vivir el Evangelio “sin rebajas” y reconstruir así la Iglesia de Cristo. En la ciudad que le vio nacer, llevó a cabo un gesto desconcertante: ante la presencia del obispo, de su padre y de muchos ciudadanos curiosos, se despojó de sus vestidos, renunciando a la herencia paterna, y, más profundamente, ¡a un cierto estilo de entender la vida! Desnudo y despojado de todo, puso su vida y su futuro en manos de Dios Padre y, también, en manos de la Iglesia, que en la persona del obispo lo acogió bajo su manto materno.