La muerte de san Francisco -su transitus– aconteció la tarde del 3 de octubre de 1226, en la ermita de la Porciúncula. En ese mismo lugar, en el año 1216 y por intercesión de la Madre de Dios, Francisco había obtenido para todos un manantial de misericordia en la experiencia del “gran perdón” de Asís o indulgencia de la Porciúncula (cada año se celebra el 2 de agosto). Cuentan que san Francisco, escuchando decir al médico que no había remedio humano para su mal, extendió con toda devoción y reverencia sus manos al Señor y dijo con alegría desde el lecho donde yacía: «Bienvenida sea mi hermana muerte. Pues, si es voluntad de mi Señor que muera pronto, llama a los hermanos León y Ángel para que canten a la hermana muerte».

Los dos hermanos, llenos de tristeza y dolor, cantaron entre lágrimas el Cántico del hermano sol y de las demás criaturas que el Santo había compuesto. Y, al llegar a la última estrofa del Cántico, añadió estos versos de la hermana muerte, cantando: «Loado seas, mi Señor, por nuestra hermana la muerte corporal, de la cual ningún hombre viviente puede escapar. ¡Ay de aquellos que mueran en pecado mortal! Bienaventurados aquellos a quienes encontrará en tu santísima voluntad, pues la muerte segunda no les hará mal». Después de bendecir a su querida ciudad de Asís y a sus hijos espirituales, entregó su alma al Creador, recostado desnudo sobre la tierra desnuda.