En 1228, el Papa Gregorio IX, gran amigo y confidente de san Francisco, lo inscribió en el libro de los santos. Había trabajado mucho en la viña del Señor: empeñado y fervoroso en oraciones, ayunos, vigilias, predicaciones y caminatas apostólicas; perseverante en el cuidado y compasión del prójimo y en el olvido de sí mismo, desde el momento de su conversión hasta su tránsito a Cristo, a quien había amado de todo corazón, mantuvo continuamente viva su memoria, le alabó con la boca y lo glorificó con sus obras.

Poco tiempo después se construyó en Asís una bellísima basílica bajo la dirección de fray Elías de Cortona. El cuerpo del santo reposa en la cripta, rodeado de algunos de sus primeros compañeros. Es meta de numerosos peregrinos, que pueden venerar la tumba del santo, pedir su intercesión, empaparse de su espiritualidad y gozar de la visión de los frescos de Giotto, el pintor que ilustró de modo magnífico la vida de san Francisco. En 1289 Nicolás IV, primer Papa franciscano de la historia de la Iglesia, le concedió el título de Iglesia papal.